28 septembre 1998..
Un mois et demi s'est écoulé depuis l'incident du manoir d'Arcklay. Après la destruction des laboratoires d'Umbrella, les habitants de Racoon City tentent tant bien que mal d'oublier l'horreur qui s'était abattue sur la ville quelques semaines plus tôt. Tout cela appartenait au passé, jusqu'à ce que de nouveaux meurtres inexpliqués eurent lieu..
Le cauchemar recommence pour Jill Valentine, à présent prisonnière dans une ville où les habitants se transforment en créatures sanguinaires sous l'action du virus T. Elle est également traquée par une nouvelle créature génétiquement modifiée: le terrible Nemesis.